La historia comienza 3 meses después del Camino Imperial. Arion vuelve al Raimon, pero se da cuenta de que todo ha cambiado. Los miembros del club ya no son jugadores de fútbol, de hecho, no hay ningún club de fútbol en la escuela. JP está en otro club diferente a Arion. ¿Es un mundo paralelo? Eso es lo que Arion supone. Entonces aparece Fei Rune, un chico llegado del futuro, acompañado de un robot en forma de oso llamado Clark von Wunderbar, y le explican todo lo sucedido.
En el futuro, hay una organización llamada El Dorado, que desea destruir el fútbol a toda costa. Le asignan ésta misión a Alpha, y su equipo, Protocolo Omega.
Después, Wonderbot y Fei le muestran la Caravana Inazuma MT con la que deberán viajar por el tiempo para recuperar el fútbol.
Eventualmente, el club de fútbol del Raimon regresa, Mark es secuestrado y visitan a David Evans años atrás. Ahora, con la ayuda de David, los chicos deberán viajar a varias épocas y reunir las auras de personajes históricos para formar el equipo definitivo. Durante la aventura, se les unirán nuevos y viejos amigos quienes ayudarán a derrotar a los antagonistas.
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