El argumento del juego parte de un destacado avance científico que ha ayudado a que el Dr. Light y sus amigos investigadores, a que puedan desarrollar robots humanoides, diseñados para mejorar la calidad de vida de la humanidad. Todo es harmonioso hasta que el malvado científico Dr. Wily toma el control de varios robots, con el fin último de conquistar todo el planeta. Con la ayuda del Dr. Light, Mega Man un robot doméstico se embarca en una difícil misión para restaurar la paz en el mundo.En esta producción de scroll lateral en 2D, los jugadores tomarán el papel de Mega Man en su viaje a través de diversas fases afrontando la presencia de temidos jefes finales. Las fases pueden ser cumplimentadas en cualquier orden, con la posibilidad de jugarlas tantas veces como se quiera. Las acciones, movimientos y armas obtenidas en ciertas áreas pueden ser utilizadas estratégicamente para acabar con los rivales y, además, ofrecerán acceso a secciones inaccesibles de algunos de los niveles que ya hayan sido superados.
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